Para restaurarlo, vete a la carpeta de Vice City, luego a data\default.ide click derecho, Propiedades y desmarca Solo lectura, después prueba prueba otra vez a restaurar con GGMM.
Te dejo un enlace a un backup de la carpeta data: http://www.gta-downloads.com/en/gta-vice-city/file-backups/2489-data-folder.html, esta sería otra forma, aunque necesitarías también los archivos gta3.img y gta3.dir, pero no los encuentro por ningún lado, así que tendrías que reinstalar otra vez lo más seguro.
Lo que no entiendo es que desinstales y bores todo y te sigan apareciendo, tiene pinta de ser algún archivo del GGMM que no borraste y que te guarda los cambios y te los vuelve a aplicar al juego, pero no te sé decir más porque no conozco bien ese programa.
Espero que algo de esto te sirva. Un saludo.