¿Por qué se sabe que CJ está muerto?
Toni Cipriani no se va de Liberty City a matar a nadie, tiene que dejar la ciudad después de matar a un gángster importante en Liberty, por eso pasa cuatro años fuera, es una referencia a la película El Padrino, cuando Michael Corleone mata a Sollozzo y a McClasky en Nueva York y pasa un año en Sicilia hasta que se calman las cosas. De todas formas Cipriani no era Capo ni mano derecha de Salvatore aún, eso es después de Liberty City Stories.
Las otras teorías, pues bueno, puede ser... De todas formas no creo que los guionistas hayan escrito nada al respecto, así que cada uno puede creer o inventarse lo que quiera.